1.办公室
负责文字综合和文书档案管理、行政后勤管理、信息化管理工作；负责机关行政办公费用预算编制和费用支出管理
；负责行政会议和重大活动组织及行政接待、招待工作。
2．人力资源部
负责分析预测集团公司人力资源需求趋势，编制人力资源发展规划、劳动关系管理、酬福利管理、培训管理及考核管理等工作。
3.总工程师办公室
负责工程建设的前期工作、勘察、设计、技术、科研、档案管理等工作。
4.拆迁办公室
负责组织征地、征收踏勘指界工作，负责拟订征地、征收方案，签订房屋土地征收协议；组织开展征地、征收项目的验收等工作。
5.设备处
负责设备系统工程建设管理工作；负责对工程建设的进度、质量、安全、投资、文明施工、工程验收的监督控制；负责工程前期工作、合同管理工作，负责甲控设备管理工作。
6.财务处
负责财务分析与管控、财务预决算管理、会计核算、融资管理、资金管理、税务筹划、审计管理、财务信息化等各方面工作
7.工程一、二、三处
负责地铁工程建设管理工作；负责工程建设的进度、质量、安全、投资、文明施工、工程验收的监督控制，负责工程前期工作、合同管理工作。
8.质量监督管理处
负责质量监督、第三方测量管理、工程材料管理、工程创优管理、工程验收管理等工作。
9.预算合同处
负责招标、非招标、合同管理工作，指导和监督所属单位招标、非招标、合同管理工作。
10.保卫处
负责地铁反恐、消防、综合治理工作；建立安保工作体系，指导、监督所属单位安保管理工作。
11.安全生产监督管理处
负责安全生产监督检查、隐患排查治理、制度体系建设、安全及卫生评价、宣传教育培训、应急管理、事故调查处理等各项工作。
12.工会
负责召开工会会员代表大会、职代会；负责民主管理、劳动保障、职工福利保障工作；负责开展企业业余文化生活。
13.企管处
组织研究集团公司管理架构并对董事会提出建议。负责集团公司规章制度管理工作，负责建立集团公司规章制度管理体系。
14. 预算审核中心职责
负责招标预算审核、变更及非招标项目预算审核、验工计价审核、结算审核、及对造价事务所的管理等工作。
15.资源开发部
组织制定和实施集团公司资源开发的发展战略及规划。
组织建设和完善集团公司资源开发和多种经营的管理体系相关政策和制度。
16.服务质量管理办公室
负责综合分析沈阳地铁行业作风建设情况，制定沈阳地铁服务工作质量管理规划和计划，同时组织计划实施，负责计划的数据统计和跟踪落实。
17.党委综合办公室
负责贯彻落实党的路线、方针、政策。负责党委文件管理和文字综合工作， 负责组织编制党委办公室工作计划并组织实施，负责该计划的数据统计和跟踪落实。
18.团委
负责团委文件管理工作，负责团委工作计划制定和文字综合工作；负责组织共青团员和优秀青年学习、贯彻落实党、团的路线、方针、政策。